该片以热带雨林为故事背景，讲述了马诺、丁凯和兰欣儿乘直升机回家，途中突遇火山喷发，整个大地陷入一片火海烟烬之中，埋藏于地下千年的化石中的变异灵兽也由此纷纷活了过来。此时直升机突遇故障，慌乱之中马诺率先跳伞降落，随后飞机也迫降在了丛林中，于是大家商议之下决定在丛林中寻找失散的马诺。马诺刚落到丛林，便被这里的部落村民发现并绑走了，而跟着降落的丁凯、兰欣儿和飞行员叔叔也都在丛林中走散了……在一路上，他们结识了新的伙伴，也遇到了越来越多从火山喷发中复活的强大的变异灵兽，还有丛林里的黑暗势力不断向他们制造各种麻烦。在大家经历了危机、彷徨、分离、挣扎、走散、重聚等一系列事件后最终成功走出困境，这片丛林得到拯救并重获生机。